timeline

Over the last years, a number of theses and courses has been involved in the building of the CELLmicrocosmos. This timeline should give a short overview to you. More informations you will get by clicking onto the different topics.

WS2003/2004

ZellVisualisierung
idea
models
animation

WS2004/2005

seminar about some basics in system biology and virtual reality
introduction of amira

SS2005

model-integration in amira
first version of the amira-plug-in
research on cell biology

WS2005/2006

first version of the membrane editor

SS2006

Interaktive 3D-ZellVisualisierung
amira plug-in finished
Cm website

WS2006/2007

revision of the membrane editor

SS2007

first version of the cell editor

WS2007/2008

revision of the cell editor

Programmieren einer Software für die Visualisierung von Zell- und Membranmodellen in VRML und PDB

Entwicklung einer Schnittstelle zur Integration membranberechnender Algorithmen in den CELLmicrocosmos 2.1

SS2008

first version of the 3D metabolic pathway explorer

WS2008/2009

revision of the 3D metabolic pathway explorer
Sebastian Rubert's bachelor thesis

Recherche, Berechnung & Visualisierung der Lipid-/Proteinrelationen in Mitochondrienmembranen mit dem für diese Zwecke zu erweiternden CELLmicrocosmos 2.1 Membrane-Editor

SS2009

first attempt to combine the different projects

WS2009/2010

Christian Gamroth's bachelor thesis

Erweiterung des Zellmembraneditors CELLmicrocosmos 2.1 um eine semi-automatische Proteinplatzierung unter Verwendung von PDBTM-Daten

Tim Dingersen's diploma thesis

Die Generierung energetisch günstiger Membransegmente im CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor durch Erweiterung auf eine atomare Behandlung der Moleküle

Özgür Ates' diploma thesis

Implementierung von SBML-Import/Export in den CELLmicrocosmos Cell Explorer unter Verwendung von metabolischen Netzwerken und 3D-Daten

SS2010

Cell Modelling

WS2010/2011

Cell Modelling

SS2011

Cell Modelling

Sebastian Rubert's master thesis

Entwicklung eines CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor Plugins zur Verwaltung von molekulardynamischen GROMACS- Simulationen in Cluster-Umgebungen

WS2011-2012

Cell Modelling

Marco Civico's master thesis

Entwicklung und Evaluierung der Educational Edition des CELLmicrocosmos CellExplorer

Roland Orlik's master thesis

Analyse wirtschaftlicher Potentiale und Entwicklung von Geschäftsmodellen für Open-Source-Projekte anhand der E-Learning-Software CELLmicrocosmos CE³

SS2012

Cell Modelling

Gunther Lukat's diploma thesis

Entwurf eines Programms zur Voronoi-Diagramm-unterstützten Analyse von Membransimulationen

Philipp Unruh's diploma thesis

Membrane-Mapping und Optimierung der molekularen Darstellung mit Java 3D in den CELLmicrocosmos Anwendungen

WS2012-2013

Cell Modelling

Thomas Waltemate's master thesis

Molekül- und Zellvisualisierung

Björn Sommer's doctor thesis

CELLmicrocosmos - Integrative Cell Modeling at the Molecular, Mesoscopic and Functional Level

Christian Gamroth's master thesis

Erweiterung des GROMACS-Plugins für den CELLmicrocosmos MembraneEditor um eine dynamische GUI-Generierung und eine verbesserte Befehls- und Clusterverwaltung unter Verwendung des SSH-Protokolls

SS2013

Cell Modelling

Ralf Rotzoll's diploma thesis

Aufbau einer Membrandatenbank und Anbindung an den CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor

Alexander Schäfer's diploma thesis

Entwicklung eines Konformationsgenerators für Lipide und Adaption des Platzierungsalgorithmus The Wanderer an die geschaffenen Möglichkeiten

André J. Heissmann's diploma thesis

Entwicklung eines Plugins für den CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor zur Generierung von Gromacs-kompatiblen Topologien für Lipide

WS2013-2014

Cell Modelling

Beatrice Guiliari's master thesis

forthcoming