This timeline summarizes the first decade of developments of CELLmicrocosmos from 2004 to 2014.
Over the last years, a number of theses and courses has been involved in the building of the CELLmicrocosmos. This timeline should give a short overview to you. More informations you will get by clicking onto the different topics.
ZellVisualisierung
idea
models
animation
seminar about some basics in system biology and virtual reality
introduction of amira
model-integration in amira
first version of the amira-plug-in
research on cell biology
Interaktive 3D-ZellVisualisierung
amira plug-in finished
Cm website
Programmieren einer Software für die Visualisierung von Zell- und Membranmodellen in VRML und PDB
Entwicklung einer Schnittstelle zur Integration membranberechnender Algorithmen in den CELLmicrocosmos 2.1
Recherche, Berechnung & Visualisierung der Lipid-/Proteinrelationen in Mitochondrienmembranen mit dem für diese Zwecke zu erweiternden CELLmicrocosmos 2.1 Membrane-Editor
Erweiterung des Zellmembraneditors CELLmicrocosmos 2.1 um eine semi-automatische Proteinplatzierung unter Verwendung von PDBTM-Daten
Die Generierung energetisch günstiger Membransegmente im CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor durch Erweiterung auf eine atomare Behandlung der Moleküle
Implementierung von SBML-Import/Export in den CELLmicrocosmos Cell Explorer unter Verwendung von metabolischen Netzwerken und 3D-Daten
Cell Modelling
Cell Modelling
Cell Modelling
Entwicklung eines CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor Plugins zur Verwaltung von molekulardynamischen GROMACS- Simulationen in Cluster-Umgebungen
Cell Modelling
Entwicklung und Evaluierung der Educational Edition des CELLmicrocosmos CellExplorer
Analyse wirtschaftlicher Potentiale und Entwicklung von Geschäftsmodellen für Open-Source-Projekte anhand der E-Learning-Software CELLmicrocosmos CE³
Cell Modelling
Entwurf eines Programms zur Voronoi-Diagramm-unterstützten Analyse von Membransimulationen
Membrane-Mapping und Optimierung der molekularen Darstellung mit Java 3D in den CELLmicrocosmos Anwendungen
Cell Modelling
Molekül- und Zellvisualisierung
CELLmicrocosmos - Integrative Cell Modeling at the Molecular, Mesoscopic and Functional Level
Erweiterung des GROMACS-Plugins für den CELLmicrocosmos MembraneEditor um eine dynamische GUI-Generierung und eine verbesserte Befehls- und Clusterverwaltung unter Verwendung des SSH-Protokolls
Cell Modelling
Aufbau einer Membrandatenbank und Anbindung an den CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor
Entwicklung eines Konformationsgenerators für Lipide und Adaption des Platzierungsalgorithmus The Wanderer an die geschaffenen Möglichkeiten
Entwicklung eines Plugins für den CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor zur Generierung von Gromacs-kompatiblen Topologien für Lipide